兩晉南北朝，以學術思想論，倒也很有特色的。漢儒都喜歡注古，就不免有“泥古”之弊，因此激起思想上的反響，有喜歡講哲學的風氣，又和佛教的哲學相接近。五世紀初年，大乘經典，漸漸流行，士大夫相信他的也不少。因為和異族接觸的多了，本族的文化，就因之而起變遷。世家大族在政治上既占優勢，生活自然要寬裕些，養成一種優遊暇豫，不肯做事情的習慣。起自中下階層中較有活氣的人，參與政治的機會較少。三國時代，南方士大夫的風氣，還是頗為剽悍的。晉初的周處，還很有武烈之風。倘使元帝東渡以後，晉朝能多引用這一班人，則除為國家戡亂以外，更加以民族的敵愾心，必有功效可見。然而大權始終為自北南遷的貴族所把持，使宋武帝一類的人物，直到晉末，才得出現於政治舞台之上，這也是一筆很大的損失。
玄學和佛學
兩晉南北朝，以政治論，雖然衰敗；以學術思想論，倒也很有特色的。漢時儒學盛行，儒學都喜歡注古，就不免有“泥古”之弊，因此激起思想上的反響。三國中葉（魏廢帝正始年間，正始，自二四〇到二四九），北方就有喜歡講哲學的風氣，他們在儒家的書中，注重《易經》；在道家的書中，則取《老子》《莊子》，很熱心地互相講論。他們這種講論，謂之“清談”，所講論的學問，謂之“玄學”，很有許多高妙的見解。因此又和佛教的哲學相接近。佛教有大、小乘之分，大乘的哲學，比小乘更為高妙。初期盛行的，都是小乘，到五世紀初年，大乘經典，才漸漸流行，士大夫相信他的也不少。
清談者未必不事事
晉代為玄學時代，其風起於正始時。玄學之興起，實為漢世儒家泥古之反動。故其重要之觀念，為重“道”而遺“跡”。道者今所謂原理，跡則事實也。談玄者謂之清談，世皆訾其誤國。然清談者未必不事事，不事事者亦不必皆能清談。謂不事事誤國可，謂因清談而不事事者誤國可，清談而勤於事，固不能謂其誤國也。正始諸賢，皆有誌當世之士，則其明證。其後或為司馬氏所戕賊，或則隱晦以求自全，此乃軍閥之罪惡，豈可釋之而罪學者邪？玄學之蔽，乃在承新莽改革失敗之後，不複敢言社會革命，而徒欲移易人心，遂至陷入唯心論。觀鮑敬言之無君論，徒能斥現行政治之惡，而絕無辦法可知。次則其人雖有學問，而不勝其物質之欲，不能自振，且冒於財利。此已為學者之失，而非其學之咎矣。（《中國通史晉朝部分綱要》，寫於1952年，見《呂思勉遺文集》上冊，第631—632頁）