1644年，清帝國繼承了明帝國的遺產，統治中國。有些人在總結明朝滅亡的教訓時發現，明帝國政府在統一思想上做得很差勁，對百姓的思想控製太寬鬆。所以明帝國後期層出不窮的民變，除了天災外，一個最重要的原因就是，王陽明心學的泛濫，也就是心學洪流讓底層民眾過分覺醒，讓他們有理由去爭取獨立和平等。清朝統治者認為，王陽明心學是洪水猛獸，必須嚴厲禁止；朱熹理學最適合治國，必須高調提倡。
當然，清朝統治者們禁止的是王陽明心學左派，對於已經趨向於朱熹理學的右派，他們不太禁止但也不支持。這似乎給了王陽明心學滿血複活的機會，一批心學大師站到了清朝思想聖壇上。他們是孫奇逢、李顒、毛奇齡。確切地說，他們是王陽明心學的修正主義者。
孫奇逢在明帝國就是名聲大振的人物，他曾營救過被權監魏忠賢陷害的忠義之士，也曾帶領全族抵抗過清軍，明亡後，他帶領弟子隱居深山，講學不輟。清政府多次請他出山，都被他以“逃跑”的形式拒絕，後來在河南輝縣的蘇門山終老，他活得幾乎過了頭，享年九十二。
孫奇逢原本是王陽明心學忠實門徒，認為“天理”兩個字是自己體貼出來的，不是那些好為人師的人製定出來的。他說，王陽明的“良知”說，是王陽明自得而來，和孟子的良知無關。他認為王陽明提出的“心即理”很有道理，不過，王陽明心學中禪的成分太大，導致了心學左派的洪流在民間沸騰，人人都能成為聖人，人人就都可以自以為是，我行我素。而在廟堂上，心學左派產生的畸形“東林黨”，往往空談，意氣用事，才導致了國家的覆滅。他認為這樣很不好，於是傾向於朱熹理學的“慎獨”，也就是說，還是需要通過外在的種種規矩來修行才可以真切地體貼到“良知”的效用。