在武裝反擊阿古柏餘孽侵擾的同時，清廷以崇厚為出使大臣，前往俄國辦理收回伊犁事宜，而俄國方麵，也將駐華公使布策調回國內，預備談判。一場談判桌上的沒有硝煙的戰爭即將打響。
崇厚當年協助曾國藩辦理天津教案，一味委曲求全，遭到不少人的謾罵。此番他再次被賦予外交重任，很多人，尤其是那些堅決主張對外強硬的清流派很是不滿。
崇厚這次前往俄國的路線是從南洋取道紅海、地中海、黑海直達俄國。清流幹將張佩綸對此提出了異議。張佩綸說：“使臣前往俄國談判新疆問題，應該首先明白新疆的形勢。所以，出使的路線必須經過新疆。實地考察一番，才能對形勢有深刻體會，才能做到知己知彼，才能在談判桌上緩急自如，取得先機。然而現在，使臣經海路前往俄國，不明白邊塞的實情，不知道將帥的謀略，怎麽能談判好？”
清廷這次派崇厚出使，還給予了他全權大臣便宜行事的名號。張佩綸堅決反對這一點。他說：“按照西洋的慣例，使臣有了全權大臣便宜行事的名號，就可以在關係重大卻來不及詳細商量的事情上自作主張。我恐怕俄國人會利用這一點，逼迫崇厚迅速簽約。到時候，國家將遭遇重大的損失。”
從事後來看，張佩綸的這些主張都是很有先見之明的。正是因為崇厚不了解新疆的形勢，不明白伊犁南麵特克斯河流域對伊犁防禦的極端重要作用，所以才沒有力爭這一重要區域，導致他擅自與俄國人簽訂的《裏瓦幾亞條約》遭到了主戰派大臣的猛烈抨擊。
特克斯河流域是伊犁與南疆取得聯係的重要通道。從伊犁出發，前往阿克蘇、烏什等南疆城市的道路，都要經過特克斯河流域。一旦特克斯河流域被俄國占領，伊犁將變得異常孤立，完全不能防守，而且南疆也會因為不能和伊犁聯係，變得更加孤立。這樣一來，中國就徒有收複伊犁之名，而沒有收複伊犁之實。崇厚之所以遭抨擊，主要就是因為他輕易地放棄了特克斯河流域。後來的曾紀澤之所以被視為民族英雄，也主要是因為收複了特克斯河流域。