當年左宗棠與李鴻章為海防重要還是塞防重要爭論不休的時候，在朝廷中樞，支持左宗棠觀點的隻有文祥。正是因為文祥的力排眾議，才有了後來的左宗棠大軍進軍新疆，北疆這才得以重回祖國懷抱。然而，文祥認為，清軍收複烏魯木齊以後，就應該停止進軍，劃地自守。這與左宗棠的想法有著重大分歧。左宗棠認為，隻有收複新疆全境，西北才能安寧，才算大功告成。但在當時，由於反對進軍新疆的人太多，左宗棠隻得采取迂回的辦法，暫時遷就，同意文祥隻占據烏魯木齊的方略，以換取更多人對收複新疆的支持。
現在，不光是烏魯木齊，整個北疆除了俄國占據的伊犁外，都已經收複。事實證明，文祥高估了阿古柏侵略軍的實力，而左宗棠一直主張的收複新疆全境，是完全有可能實現的。在這種情形下，左宗棠開始著手準備進軍南疆的事宜。
不出左宗棠所料，他的進軍南疆的主張遭到了以李鴻章為首的妥協派的反對，以及英國侵略者的幹涉。
得知清軍收複北疆，即將進軍南疆後，英國人大為惶恐。他們很清楚阿古柏侵略軍的實力，深知一旦清軍南下，阿古柏侵略軍就將灰飛煙滅。如此一來，英國利用阿古柏侵略軍，向新疆滲透的企圖，就不可能實現了。阻止清軍南下，維護英國在新疆的既得利益並擴大之，這是英國外交家們的重要任務。
當時，英國駐華公使威妥瑪在與李鴻章交涉雲南馬嘉理案。早已喪失民族自信心的李鴻章秉承清廷意旨，一味妥協。幾番交涉下來，威妥瑪算是徹底看清楚李鴻章的為人了，這人的眼中隻有四個字，那就是“息事寧人”。這樣的敵國外交家，威妥瑪最喜歡了。
在交涉馬嘉理案之餘，威妥瑪向李鴻章提出了一個解決南疆問題的方案，那就是保存阿古柏偽政權，作為中國的附屬國。為了迫使李鴻章接受他的方案，威妥瑪還嚇唬李鴻章說：“貴國用兵日久，俄國人可能會乘機來取新疆，這不僅會危及到印度，對貴國的邊界也將很不利。”