當左宗棠率領湘軍在閩南一帶與太平軍餘部血戰的時候，湘軍統帥曾國藩奔赴中原，踏上了鎮壓撚軍的征程。
對於此時的曾國藩來說，要想在鎮壓撚軍的戰場上複製鎮壓太平天國的成功，並不容易。諸多因素對他不利。
首先，“剿撚”的主戰場在中原。這裏河流湖泊很少，在湘軍鎮壓太平天國的過程中扮演重要角色的湘軍水師在這裏幾乎沒有用武之地。相反，對於撚軍強大的馬隊來說，這裏卻是絕佳的作戰場所。
其次，曾國藩在攻下江寧後，主動遣散了他的嫡係軍隊吉字營，這導致他在“剿撚”的戰場上，幾乎沒有嫡係的軍隊可以用。他所用的，主要是淮軍。然而，淮軍隻聽命於李鴻章，不聽命於他。這種指揮的不通暢，給曾國藩帶來了很大的麻煩。
再次，中原各省的督撫，大多不是湘軍人物，曾國藩很難指揮得動他們。這些人往往隻顧本省的利益，不顧大局。曾國藩拿他們沒有辦法。這也給曾國藩的“剿撚”造成了巨大的麻煩。
在這些不利因素的共同作用下，曾國藩雖然找到了鎮壓撚軍的正確方略，那就是以天然的河流加上人工修築的長牆，構築包圍圈，困住撚軍，然後加以殲滅，卻依舊無法對撚軍構成致命的威脅。在撚軍出其不意地突破了他精心布置的賈魯河防線後，他被清廷剝奪了“剿撚”的指揮權。取而代之的，是他的學生李鴻章。
雖然湘軍統帥曾國藩不再指揮“剿撚”了，但湘軍與撚軍的對決才剛剛開始。在“剿撚”中期，以曾國荃為首的新湘軍以及鮑超、劉蓉、劉鬆山等率領的其他湘軍，扮演了主力的角色。
新湘軍是一支怎樣的軍隊呢？原來，曾國荃在攻克江寧後不久，就回到了家鄉休養。此後，清廷多次命他出山，他都以病重為由婉拒。直到1866年，他才接受清廷的任命，組織新湘軍，前往湖北擔任巡撫，並負責鎮壓西線的撚軍。