太宗見魏徵直斥他是小人，不覺勃然大怒說：“你說寡人逢迎取巧，有何憑證？快快說來！若有半點差池，休怨寡人手狠手辣。”魏徵不慌不忙地說道：“陛下殺死先太子後，深恐太上皇加罪，陛下在延德宮朝見太上皇時，正當盛暑，太上皇坐在東軒，開胸納涼。陛下跪在太上皇膝前，太上皇說了句‘骨肉相殘，可恨可悲’，陛下無言可對，隻管用口吮著太上皇**，假作悲泣，這便是逢迎取巧之道，這件事情陛下猶記得否？”魏徵話才說完，宇文士及就說道：“先太子已無道伏誅，萬歲聖聰神明，誰不敬服，你怎敢當殿無禮？”魏徵大聲說道：“昔日管仲為子糾之臣，曾射中桓公，今臣僅為先太子分辯了幾句，如何能說臣無禮呢？”太宗見魏徵如此剛直，轉怒為喜，好言撫慰，並立即下旨，拜魏徵與王珪同領諫議大夫之職，以後如遇朕有不德之事，準許你盡言極諫。
太宗的心腹之臣侯君集查獲了廬江王璦寄與先太子建成的密書，信的內容是唆使李建成、李元吉二人速速謀害太宗。太宗看了大怒，發狠要除去廬江王，盡管他是太祖的孫子、高祖的從弟、太宗的從叔。
廬江王預感到大事不妙，不甘心坐以待斃，聚眾起了事。又是一場流血成河的廝殺，廬江王事敗被活活地絞死，太宗下旨，廢廬江王為庶人，諫議大夫魏徵知道後，便去朝見太宗，說先太子初死，人心未靖，朝廷宜坦示大公，不再株求，方可免卻大禍。太宗依奏，又召還先太子黨羽王珪、韋珽、杜淹同為諫議大夫，下詔令馮翊立、薛萬徹等都歸京都裏。一時間，人心大定，內外都安。同時，太宗還派魏徵去宣慰山東一帶，許他便宜行事。
魏徵向山東進發的在半路上遇到先太子的千牛官李誌安和先齊王的護軍官李思行二人被打入囚籠，押送京師。魏徵當即吩咐放了二人，他對押解官說：“皇上已有詔書在此，所有前東宮和齊府的餘黨概不究問，如今若再將二李囚解入京，豈不是讓赦書反成虛文了嗎？”太宗聽說魏徵處理的這件事後直誇他有見識會辦事，並傳旨獎許，同時再降諭旨，以後凡事連東宮、齊府及廬江王瑗的，一概不準告訐，違令者反坐。